Han pasado dos años desde la desesperada batalla que marcó los acontecimientos de 'Godzilla Minus One' Cuando la humanidad apenas empieza a recuperar la esperanza tras una paz conquistada con enorme sacrificio, una nueva y devastadora amenaza emerge para ponerlo todo en peligro.

Después de sobrevivir a la batalla que cambió sus vidas, Shikishima y sus compañeros vuelven a unirse para enfrentarse una vez más al devastador poder de Godzilla.